Situasjonen i landene i Sørøst-Asia er forskjellig. Stefanusalliansen har partnere. De arbeider på ulike måter for å styrke minoriteters stilling, noen steder med opplæring, andre steder med menighetsplanting, atter andre steder direkte med trosfrihet.
I både Vietnam, Laos og Kambodsja er flertallet av innbyggerne buddhister, men landene består også av animister, kristne, islamske og andre mindre religiøse minoriteter. Buddhisme er statsreligion i Kambodsja, mens Vietnam og Laos er sosialistiske stater uten en offisiell tilknytning til religion. De politiske konstellasjonene preger også trosfrihetssituasjonen i landene.
I Vietnam og Laos må alle trossamfunn ha offisiell registrering for å kunne operere lovlig. Myndighetene må dessuten godkjenne utnevnelsen av religiøse ledere, bygging av religiøse bygg og opptrykk av religiøst materiell. Religiøse grupper som ikke er registrert hos myndighetene opplever trakassering, diskriminering, utkastelse eller rivning av religiøse bygg, og arrestasjoner, spesielt i Vietnam. Uavhengige buddhister, inkludert Hoa Hao- og Khmer Krom-buddhister, uavhengige protestantiske kirker blant etniske Hmong og Montagnard, katolikker, Cao Dai og Falun Gong er spesielt utsatt. Myndighetene straffer troende som har kontakt med vestlige myndigheter. I Laos blir kristne familier kastet ut av landsbyen fordi de «provoserer åndene». I mange tilfeller mister folk arbeid, tilgang på grunnleggende ressurser og tjenester.
Det er spesielt etniske minoriteter i rurale strøk som er utsatt for overgrep av myndighetene. Dette henger sammen med at de samme minoritetene historisk sett har motsatt seg myndighetenes kontroll. Vietnamesiske og laotiske myndigheter ser utbredelsen av kristendom blant etniske minoriteter som en vestlig import som truer kommunismen. Vietnam har lenge drevet en systematisk politikk for å begrense spredningen av kristendom blant minoritetene. På 2000-tallet ble titusenvis av mennesker fra Hmong- og Montagnardfolket tvungen til å gi opp sin kristne tro. De som nektet, ble fengslet eller kastet ut av landsbyen. Mange flyktet sørover i landet eller over landegrenser og mistet tilgang til grunnleggende rettigheter og tjenester. Mange står i praksis uten statsborgerskap.
I Kambodsja er situasjonen annerledes. Foruten noen enkelttilfeller av vold mellom buddhister og kristne, opplever troende en stor grad av trosfrihet i Kambodsja. Den buddhistiske gruppen Khmer Krom som lever i grenseområdet mellom Kambodsja og Vietnam har blitt slått ned på på grunn av politisk aktivitet, men konsekvensene er langt verre på den vietnamesiske siden av grensen.
Stefanusalliansen samarbeider med lokale kirker, organisasjoner og personer.
